Perjalanan panjang yang telah ditempuh Lion Air berawal dari penerbangan domestik yang kecil. Setelah 13 tahun pengalaman di bisnis wisata yang ditandai dengan kesuksesan biro perjalanan Lion Tours, kakak-beradik Kusnan dan Rusdi Kirana bertekad menjadikan impian mereka untuk memiliki usaha penerbangan menjadi kenyataan. Dibekali ambisi yang tinggi dan modal awal 10 juta dolar Amerika Serikat, Lion Air secara hukum didirikan pada bulan Oktober tahun 1999. Namun pengoperasian baru berjalan di mulai pada tanggal 30 Juni tahun 2000, dengan menggunakan sebuah pesawat Boeing 737-200. Saat ini, Rusdi Kirana sebagai salah satu pemilik Lion Air memegang jabatan sebagai Presiden dan juga Direktur.
Hingga pertengahan 2005, bersama dengan penerbangan internasional lainnya, Lion Air menempati Terminal 2F Bandara Soekarno-Hatta ; sedangkan perusahaan penerbangan lokal atau penerbangan domestik menempati Terminal Satu. Faktor tersebut, selain mampu memberikan para penumpang kemudahan penerbangan sambungan ke Indonesia atau dari Indonesia ke tujuan internasional lainnya, juga memberikan keuntungan lebih dari segi prestise. Tetapi kemudian Lion Air dipindahkan ke Terminal 1A dan penerbangan ke Pulau Sumatera, Batam, Pangkalpinang, dan Palangkaraya dioperasikan di terminal 1B (mulai 11 Oktober 2010) hingga saat ini. Sedangkan semua penerbangan internasional Lion Air dilayani dari terminal 2E.
